当明确诊断得了结石后，需了解结石大小、多少、部位、病因等，以便确定治疗方案。
一般来说，直径小于0.5厘米的结石，90%可以自然排出，部分患者因尿路狭窄造成结石不能排出才需外科干预。
结石直径大于0.8厘米时，则需要外科干预。
目前，所有泌尿系结石需要行外科手术的病人，均可选择微创取石，但是要根据结石的部位、大小以及多少采取不同的治疗手段。
体外冲击波碎石术
被称为“泌尿系结石治疗上的革命”。体外冲击波碎石机可以治疗直径小于2厘米的肾结石、直径小于1厘米的输尿管结石等，效果很好，为首选治疗方法。
经皮肾镜取石术
复杂、疑难的肾结石包括直径大于2.0厘米的结石、鹿角形结石、多发结石、异位肾结石、马蹄肾合并结石、感染性结石、胱氨酸结石、孤立肾结石等，这些都是体外碎石机不能解决的大结石或特殊结石，推崇用经皮肾镜取石术。在患者腰部打一个钢笔粗细的“洞”，建立起皮肤至肾脏的通道，在肾镜下采用激光或气压弹道联合超声碎石术，将结石击碎并吸出体外，形象地比喻为“打洞取石”。
经尿道输尿管软镜取石术
对于小于2.0厘米的肾结石、肾盏憩室结石以及输尿管上段结石，可以采用目前治疗肾结石的一种新方法——经尿道输尿管软镜取石术。其损伤介于体外冲击波碎石术和经皮肾镜碎石取石术两者之间。利用泌尿道的自然通道，无需建立其他创伤性通道，创伤小、恢复快、疗效较体外冲击波碎石术好。
输尿管硬镜
对于靠近膀胱且结石横径大于1厘米（无法自行排出）或体外冲击波碎石术失败的输尿管结石，可采用输尿管硬镜技术进行微创治疗。
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