尿结石在肾和膀胱内形成。绝大多数输尿管结石和尿道结石是结石排出过程中，停留在该处所致。泌尿系结石对机体的损害主要在泌尿系统，损害的程度视结石的大小和部位而不同，主要损害为尿路梗阻、继发感染和上皮病变，结石、梗阻和感染三者互为因果，形成恶性循环，即结石引起梗阻，梗阻引起感染，感染又促发结石。
泌尿系结石所致的病理生理改变，与结石部位、大小、数目、继发炎症和梗阻程度等因素有关。肾盏结石可在原位而不增大，亦可增大并向肾盂发展。当肾盏颈部梗阻时，导致肾盏积液或积脓，进一步引起肾实质感染、瘢痕形成，甚至发展为肾周感染。肾盏结石亦可进入肾盂或输尿管。结石可自然排出，或停留在尿路某一部位。当结石阻塞肾盂输尿管连接处或输尿管时，可引起急性完全性梗阻或慢性不完全性梗阻。前者在及时解除梗阻后，可无肾损害。慢性不完全性梗阻导致肾积水，使肾实质逐渐受损而影响肾功能。较大的肾盂结石对肾实质和肾功能的损害轻微。结石可损伤尿路粘膜导致出血、感染。在有梗阻时更易发生感染。感染与梗阻又可促使结石迅速长大或再形成结石。结石在肾盂或膀胱内偶可引起恶变。
结石在肾内逐渐长大，充满肾盂及部分或全部肾盏，形成鹿角形结石，周围肾盏，多见肾下盏，扩张积水，可继发结石形成。临床上，鹿角形结石可长期存在于肾盂、肾盏内不移动，不出现任何症状，特别是较大的鹿角形结石，在体检或伴有尿路感染时经过X射线摄片才发现。鹿角形结石可随着结石的逐渐增大而损害肾盂、肾盏及肾实质，甚至导致肾功能逐渐减退。此类结石容易引起尿路感染。鹿角形结石的治疗比较困难，可能需要多次手术才能完全清除结石。
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