1、尿路梗阻：肾、输尿管结石最容易在肾盂输尿管连接处(第一狭窄处)，输尿管跨过髂血管处(第二狭窄处)和输尿管膀胱入口处(第三狭窄处)停留，引起尿路梗阻。尿路梗阻后，梗阻以上的输尿管和肾盂就会扩张、积水，肾脏积水可分为轻度、中度和重度肾积水。
肾积水时，肾脏实质受到挤压，影响肾管。如果肾积水长期得不到解除，严重者可造成整个肾脏管丧失。如果是双侧尿路都严重梗阻的还有可能导致尿毒症。
2、局部损伤：体积小的结石，可以在尿路内自由活动，容易磨伤尿路粘膜引起出血、肾绞痛，但是这种局部损伤还是比较轻的。体积大的比较固定或鹿角形的泌尿系结石，虽然疼痛感并不严重，但可长期压迫尿路粘膜，使上皮脱落、组织溃疡，以至于结石与输尿管管壁形成粘连，严重的还可能引起恶变。
3、尿路感染：尿路梗阻并发细菌感染，肾积水继发感染后可形成肾积脓，严重的尿路感染还可能造成败血病，威胁人的生命。另外，尿路感染又促进结石的形成，使原有的结石体积迅速增加。
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