主要症状是疼痛和血尿，其程度与结石部位、大小，活动与否及有无损伤、感染、梗阻等有关。
①疼痛：肾区疼痛伴肋脊角叩击痛。肾盂内大结石及肾盏结石可无明显临床症状，活动后出现上腹或腰部钝痛。输尿管结石致梗阻可引起肾绞痛，疼痛剧烈难忍，阵发性发作位于腰部或上腹部，并沿输尿管行径，放射至同侧腹股沟，还可累及同侧睾丸或阴唇，结石在中段输尿管，疼痛放射至中下腹部，结石处于输尿管膀胱壁段或输尿管口，可伴有膀胱刺激征及尿道和阴茎头部放射痛。
②血尿：肉眼或镜下血尿，后者更为常见。有时活动后镜下血尿是唯一临床表现。血尿的多寡与结石对尿路粘膜损伤程度有关。如果结石引起尿路完全性梗阻或固定不动(如肾盏小结石)，可能无血尿。
③恶心、呕吐：输尿管结石引起尿路完全性梗阻时，使输尿管管腔内压力增高，管壁局部扩张、痉挛和缺血。由于输尿管与肠有共同的神经支配而导致恶心、呕吐。
④膀胱刺激征：结石伴感染或输尿管膀胱壁段结石时，可有尿频、尿急、尿痛。
⑤并发症表现：继发急性肾盂肾炎或肾积脓时，可有畏寒发热寒战等全身症状。肾积水，可在上腹部扪及增大的肾。双侧上尿路结石引起双侧尿路完全性梗阻或孤立肾上尿路完全性梗阻时，可导致无尿，出现尿毒症。小儿上尿路结石以尿路感染为重要的表现，应予以注意。
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