泌尿系结石的主要治疗目的：解除梗阻，保护和挽救肾功能，缓解症状，防止复发。
泌尿系结石的治疗主要有保守治疗和外科干预，前者包括抗炎解痉止痛、中药排石和跳跃活动等；后者包括体外冲击波碎石、内镜下碎石取石术、腹腔镜下手术取石和开放手术取石。
一、保守治疗的指征：
有明显疼痛及血尿、且B超提示肾实质正常、仅轻度肾积水或无积水、结石直径小于0.4厘米的输尿管结石。对于这种病人，保守治疗均可尝试。因为结石排出，取决于以下几点：1.患侧肾功能是否正常：能否正常泌尿，若B超提示肾实质正常、肾脏仅轻度积水或无积水，说明梗阻并不严重，梗阻时间短，肾功能受损轻，泌尿正常，具有排石能力。2.输尿管内径：结石直径小于0.4cm，即结石不大于输尿管内径，有可能自行排出。3.结石是否被包裹和粘连：有明显疼痛及血尿，说明结石可能在移动，没有被包裹和粘连。
二、体外冲击波碎石的指征：
这是很好的治疗泌尿系结石的外科干预方法，但体外碎石并不适合所有的泌尿系结石患者，它也有严格的指征。体外冲击波碎石是否成功，需要以下条件：1、准确的定位系统。2、足够的冲击波能量。3、结石质地不太硬（胱氨酸、草酸钙结石质硬，不易粉碎）。4、结石不太大，排石时不至形成石阶而加重或造成新的梗阻。5、患者自身排石能力。6、医生丰富的经验和技术等。
排石能力取决于以下因素：1、患侧肾有较好的产尿功能，能形成一定的肾盂输尿管内压力，促使结石排出。2、尿路畅通，无梗阻（无狭窄、扭曲、息肉、畸形等）。3、结石未被粘连、包裹等。
因此，选择体外冲击波治疗的患者，应具备以下指征：1、患侧肾有较好的泌尿功能（患肾功能基本正常、无积水或中度以下肾积水）。2、尿路畅通，无结石以外的梗阻（无狭窄、扭曲、息肉、畸形等）。3、结石未被粘连、包裹。4、结石体积不太大（直径小于1.5cm）。
以下几种结石，体外冲击波碎石不适合：
1、尿道结石：部位特殊，无法选择体表最佳冲击点。
2、膀胱结石：结石多数较大，且在膀胱内滚动，难以击碎，即使击碎，也易造成尿道石阶，反而导致急性尿潴留。
3、巨大肾结石：因体外碎石所需时间太长，且在碎石后形成输尿管石阶造成严重梗阻，使患肾受损加重。长时间体外碎石，可影响患肾功能。
4、有症状的肾盏内结石（尤其下盏结石）：此类患者伴有肾盏肾盂的畸形，这也是结石存在于盏内的原因。即使将结石击碎，也不能排出。
5、有急慢性肾后性肾功能不全者：其当务之急为解除肾后性梗阻挽救肾功能，而体外碎石并不能确保碎石成功而使梗阻解除。如果勉强体外碎石，可能延误最佳救治时间。
6、患侧肾重度肾积水者，此类病人结石梗阻时间较长，多伴有输尿管狭窄、结石被包裹或粘连、输尿管扭曲畸形等，严重影响体外冲击波碎石的成功率，且因患肾功能受损，泌尿能力下降，即使结石被击碎，也难以自行排出。
三、内镜下碎石取石的指征：
就是保守治疗和体外冲击波碎石都失败、或不适合保守治疗和体外冲击波碎石、且有症状体征造成梗阻影响患肾功能的泌尿系结石。具体包括：
1、保守治疗失败的尿道结石和输尿管下段结石；
2、保守治疗和体外冲击波碎石治疗失败的输尿管中上段结石；
3、中度以上肾积水的输尿管结石和肾结石；
4、有症状的肾盏结石；
5、造成一定梗阻的肾巨大结石；
6、不能排出的膀胱结石；
7、已导致肾后性肾功能不全的泌尿系结石；
8、合并有输尿管狭窄等其他梗阻的泌尿系结石；
内镜的治疗优势是——它不仅是一种治疗手段，也是一种检查手段，与体外冲击波相比，它不但能一次性处理造成梗阻的结石，还可以明确是否存在狭窄、息肉等其他梗阻，并同时能解除这些梗阻。
四、腹腔镜下输尿管切开取石的指征:适应于伴有输尿管器质性狭窄的患者。
五、外科手术处理泌尿系结石的指征：只有在体外冲击波碎石、腔镜碎石确实不适用于某些患者或腔镜手术失败、或出现意外情况的时候，才考虑外科手术干预。
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